Es una área técnica encargada de las orientaciones de política, elaboración de regulación, normas, y apoyo a la gestión de actividades relacionadas con el conocimiento y práctica de las llamadas Medicinas Complementarias/Alternativas.

De acuerdo a la realidad país, y siguiendo la definición de la Colaboración Cochrane, se entiende como Medicinas Complementarias/Alternativas (MCA) a ..” un amplio dominio de recursos de sanación que incluye todos los sistemas, modalidades, prácticas de salud, teorías y creencias que los acompañan, diferentes a aquellas intrínsecas al sistema de salud políticamente dominante de una sociedad particular en un período histórico dado”. En otros términos se trata de un variado conjunto de teorías y prácticas diferentes a la medicina oficial, trasplantadas e insertas en una sociedad que “tradicionalmente” no ha practicado esa medicina. Las medicinas de nuestros pueblos originarios (medicina tradicional) no entran en la definición.

Entre las MCA que se practican en el país están: la Homeopatía, la Acupuntura, la Naturopatía, la Quiropraxia, la Sintergética, las Terapias Florales, Apiterapia, etc.

Otras prácticas aparentemente menos complejas son el Reiki, la aromoterapia, el quiromasaje, etc. Hoy en día todas las medicinas se entiende que trabajan en forma complementaria, hablándose de una Medicina Integrativa.